Добро пожаловать!
Это документация для ASpecD – структуры для обработки спектроскопических данных с упором на воспроизводимость.
Вкратце: каждый шаг обработки, применяемый к вашим данным, будет записан и может быть прослежен. Кроме того, для каждого представления ваших данных (например, рисунков, таблиц) вы сможете легко проследить, как были обработаны представленные данные и откуда они взялись.
Что еще лучше: Фактическая обработка и анализ данных больше не требуют навыков программирования, а сводятся к написанию текстового файла, в котором в упорядоченном виде излагаются все шаги, которые вы хотите выполнить с вашим набором данных.
Интересно? Посмотрите на анализ данных, основанный на готовых решениях, или на следующий пример:
datasets:
- /path/to/first/dataset
- /path/to/second/dataset
tasks:
- kind: processing
type: BaselineCorrection
properties:
parameters:
kind: polynomial
order: 0
- kind: singleplot
type: SinglePlotter
properties:
filename:
- first-dataset.pdf
- second-dataset.pdf
Code language: JavaScript (javascript)
Интересует больше реальных примеров? Ознакомьтесь с разделом “Примеры применения”.
Особенности
Список возможностей:
- Структура для написания приложений, обрабатывающих спектроскопические данные
- Последовательная обработка числовых данных и соответствующих метаданных
- История каждого шага обработки, создаваемая автоматически, направленная на полную воспроизводимость
- Отмена и повтор шагов обработки
- Импорт и экспорт данных
- Общие возможности построения графиков, легко расширяемые
- Формирование отчетов с использованием заранее определенных шаблонов
- Анализ данных на основе готовых решений, позволяющий выполнять задачи полностью без посторонней помощи в фоновом режиме и без навыков программирования
Чтобы сделать его еще более удобным для пользователей и ориентированным на будущее:
- Проект с открытым исходным кодом, написанный на Python (>= 3.5)
- Разработан полностью на основе тестирования
- Обширная документация для пользователей и API
Как цитировать
ASpecD является бесплатным программным обеспечением. Однако если вы используете ASpecD для собственных исследований, пожалуйста, приводите соответствующие ссылки:
Till Biskup. ASpecD (2021). doi:10.5281/zenodo.4717937
Чтобы упростить работу, ASpecD имеет DOI, предоставленный Zenodo, вы можете нажать на значок ниже, чтобы получить прямой доступ к записи, связанной с ним.
Обратите внимание, что этот DOI относится к пакету как таковому и всегда перенаправляет на самую актуальную версию.
С чего начать
Пользователям, впервые познакомившимся с ASpecD, лучше начать с самого начала, а те, кто знаком с его основополагающими концепциями, могут сразу перейти к разделу, объясняющему, как писать приложения на основе фреймворка ASpecD.
Если вам интересно, как выглядит работа с фреймворком ASpecD, в частности, анализ данных на основе рецептов, загляните в раздел примеров использования.
Документация по API – это основной источник информации для разработчиков, помимо ознакомления с исходным кодом.
Установка
Чтобы установить фреймворк ASpecD на свой компьютер ( целесообразно в виртуальной среде Python), откройте терминал (активируйте свою виртуальную среду) а затем введите следующее:
pip install aspecd
Ознакомьтесь также с более подробными инструкциями по установке.
Смежные проекты
Существует ряд связанных пакетов, которые основаны на фреймворке ASpecD и каждый из которых фокусируется на одном конкретном типе спектроскопии.
Наиболее развитыми на сегодняшний день являются следующие пакеты:
- trepr – Пакет для обработки и анализа данных временного электронного парамагнитного резонанса (TREPR), разработанный Дж. Поппом и поддерживаемый Т. Бискупом.
- cwepr – Пакет для обработки и анализа данных непрерывного электронного парамагнитного резонанса (cw-EPR), первоначально разработанный П. Киршнером, в настоящее время разрабатывается и поддерживается М. Шредером и Т. Бискупом.
Вас также может заинтересовать проект LabInform, направленный на создание необходимой более глобальной инфраструктуры в лаборатории/научной рабочей группе, заинтересованной в более воспроизводимых исследованиях.
Вкратце, LabInform – это “Лабораторная информационная система с открытым исходным кодом”.
Наконец, не забудьте заглянуть на сайт, посвященный воспроизводимым исследованиям и охватывающий более общие сферы воспроизводимых исследований и передовой научной практики.
Лицензия
Эта программа является свободным программным обеспечением: вы можете распространять ее и/или изменять в соответствии с условиями лицензии BSD.
Однако, если вы используете ASpecD для собственных исследований, пожалуйста, приводите соответствующие ссылки.
Замечание по поводу логотипа
Змея (очевидно, питон, посмотрите, как она держит лупу) хорошо знакома с научным методом и иллюстрирует основную идею системы ASpecD: воспроизводимый анализ данных. Авторские права на логотип принадлежат Дж. Поппу.